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La Iniciativa tiene como objetivo principal el prevenir el uso ilegal de recursos genéticos y conocimientos tradicionales y fortalecer las capacidades nacionales y regionales para enfrentar la biopiratería, a través de la colaboración e interacción entre instituciones. Esto incluye la implementación efectiva de políticas y normas en materia de acceso a recursos genéticos y protección de conocimientos tradicionales. Recursos como el ayahuasca, la maca o la quinua.y los conocimientos tradicionales asociados a ellos han pasado a formar parte de invenciones protegidas legalmente por patentes u otros derechos de propiedad intelectual, sin un reconocimiento de su origen. A esta apropiación indebida o ilegal de recursos genéticos, semillas y conocimientos tradicionales de los pueblos indígenas se refiere el término de biopiratería.
Desde el año 2004 la Iniciativa viene trabajando en la creación de redes y en la búsqueda de sinergias entre las acciones emprendidas por los países andino amazónicos destinadas a garantizar que el acceso a sus recursos genéticos y conocimientos tradicionales sean utilizados con su consentimiento y participación. En el año 2007 se inicia una segunda fase con la finalidad de profundizar en el fortalecimiento de las actuaciones de las instituciones publicas y privadas nacionales frente a potenciales casos de biopiratería.
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